1966年6月至1968年6月的两年时间里，菲律宾和马来西亚之间的关系平静而稳定，在此期间，两国缔结了《反走私协定》。两国还积极参加了东南亚国家联盟（东盟）的成立。 同时两国政府重申遵守过去的协定，即《马尼拉协定》和1963年联合声明。后者提到了菲律宾政府有权继续对沙巴提出索赔。6月3日，两国驻各自领事馆正式升迁为大使馆，同时任命了菲律宾驻巴基斯坦大使罗密欧·布苏戈（Romeo busuego）和马来西亚驻德国大使阿卜杜勒·哈米德·朱马特分别担任驻马来西亚和菲律宾的大使。 当天，两国签署了一份公报，宣布两国政府“同意遵守1963年7月31日的《马尼拉协定》及其随附的联合声明，以和平解决菲律宾对沙巴的主张”。两国政府认识到有必要一起坐下来，以澄清这一要求并讨论使双方满意的解决办法。
1968年1月9日至11日，菲律宾时任总统费迪南德·马科斯连同第一夫人和一些内阁成员的陪同下抵达吉隆坡，这是他对马来西亚、印尼和泰国进行为期10天国事访问的第一站。在访问结束时发表的联合公报中，两国政府满意为合作解决现有双边问题所作的努力，并同意定期审查菲律宾与马来西亚的关系。菲律宾沙巴领土争议再次陷入僵局后，菲律宾驻吉隆坡大使馆于同年11月29日再次关闭。马来西亚同样撤出了驻马尼拉大使馆，这标志着菲律宾和马来西亚之间的外交关系崩溃。4月至11月这段紧张时期，两国首脑在曼谷举行会谈，试图解决这一问题。
外交争端是由所谓的“科雷希多岛”和贾比达大屠杀事件促成的摩洛冲突。菲律宾国会议员小贝尼格诺·阿基诺声称总统费迪南德·马科斯正在训练一支部队准备进攻马来西亚并夺回沙巴领土，导致马来西亚中断了与菲律宾的所有外交关系。马来西亚则指责菲律宾企图训练特种部队在沙巴渗透和进行颠覆活动，但这一指控并没有证据。1969年，经过两国领导人之间未经公开的谈判后，两国在12月的东盟外长会议上宣布两国关系正常化。1997年，沙巴州政府实施了一项涵盖沙巴州和纳闽联邦领土的特别计划，该计划给予了大赦，并为来自菲律宾和印度尼西亚的非法移民提供了使他们就业和家属合法化的机会。1997年的印度尼西亚和菲律宾非法移民正规化计划实施了六个月后（3月1日至8月31日），使约12万名菲律宾工人及其家属合法化。为了补充马来西亚的正规化计划，菲律宾大使馆设立并运营了四个临时办公室（哥打京那巴鲁，斗湖，山打根，纳闽），向利用该计划的无证菲律宾人发放护照。
2013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部队从菲律宾南部进入沙巴东部地区索取领土，并引起持续41天的拿笃冲突，两国外交关系再次陷入紧急状态。马来西亚对此采取反制措施，包括遣返在沙巴的菲律宾非法移民。2016年11月8日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特向马来西亚进行国事访问，并会见马来西亚时任首相纳吉·阿都拉萨。两国首脑在会谈中仅聚焦在两国海域安全问题和经济上的合作，同意搁置沙巴领土争议问题。2018年7月16日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特访问马来西亚首相马哈迪·莫哈末，并赠送马哈迪肖像油画为礼，讨论双边关系和伊斯兰极端组织（ISIS）等课题。2019年3月6日，应杜特尔特邀请，马哈迪前向菲律宾马尼拉，杜特尔和马哈迪于7日在总统府马拉坎南宫举行双边会谈，讨论政治、经济和民间合作。
同泰国的关系
2005年马泰双边贸易额516.1亿令吉，占马外贸总额的5.33%。2006年7月，副总理兼国防部长纳吉布赴泰国出席马泰边境委员会会议。
同越南的关系
两国交往的历史最早可以追溯到15世纪，而当代的马来西亚政府则在1973年3月30日与当代的越南政府建交，截至2022年仍未中断。
越南共和国（南越）政府在1957年马来亚联合邦独立后予以承认，两国之间的关系也在此时展开。此后马来西亚便开始援助南越政府，协助它们与越共游击队、北越军作战。马来亚首相东古·阿卜杜勒·拉赫曼在1958年首次访问南越，南越总统吴廷琰也先后在1958年1月和1961年10月回访马来亚。马来亚在1963年与位于婆罗洲的沙巴、砂拉越合组马来西亚，这时吉隆坡政府担心，按照骨牌理论，越南民主共和国（北越）共产主义者的影响可能对马来西亚的存亡构成威胁，而且马来西亚也经历过gong dang 叛乱，所以他们改变立场，大力支持美国介入越南战争。东古拉赫曼在1966年12月表达这些忧虑，并呼吁美、英两国为越南的战事提供更多的后勤支援。马来西亚曾为南越官员开设训练班，教授公共行政技能、游击战战术；并向南越提供摩托车，旨在增加南越警队的实力，以及南越军后勤补给的能力。马来西亚在1975年越战临近尾声之际分两阶段停止驻南越使馆的运作：首先在4月12日撤走使馆人员，然后在16天后（西贡易帜前两天）正式闭馆。1975年5月越南南方共和国临时革命政府接管南越，马来西亚随即予以承认，并表示大马不会偏向任何一种政治思想和社会体制。
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