随着“暗星计划”被挫败，迷雾星上的战斗落下帷幕。特别调查部队与联盟联合攻击部队的英勇事迹，迅速传遍了整个宇宙。各个星系的文明对他们的壮举赞不绝口，联盟为表彰他们的贡献，举行了盛大的庆典。
然而，特别调查部队并没有沉浸在胜利的喜悦和荣誉之中。他们深知，这场危机虽然解除，但宇宙中隐藏的威胁依然存在。战后的迷雾星满目疮痍，特别调查部队主动承担起协助清理和重建的工作。在这个过程中，他们发现神秘组织虽然遭到重创，但似乎仍有残余势力在暗中活动。
通过对神秘组织基地遗留的资料和通讯记录进行深入分析，特别调查部队发现了一些令人担忧的线索。这些线索指向了宇宙深处的一个神秘区域，据说那里隐藏着一股古老而强大的力量，神秘组织似乎一直在试图探寻并利用这股力量，以实现他们不可告人的目的。
与此同时，联盟收到了来自遥远星系的求救信号。这个星系遭受了一种未知能量的侵袭，星球生态遭到严重破坏，居民生命受到威胁。特别调查部队意识到，这或许与神秘组织残余势力的活动有关，也可能是那股隐藏的古老力量开始产生影响。
面对新的情况，特别调查部队没有丝毫犹豫，毅然踏上了新的征程。他们肩负着双重使命，既要调查神秘区域隐藏的古老力量，防止其被不法势力利用，又要前往受袭星系，帮助那里的居民解决危机。在这充满未知的宇宙中，特别调查部队将再次迎接挑战，书写属于他们的传奇，为守护宇宙的和平与安宁继续奋斗。
特别调查部队兵分两路。一路火速赶往遭受未知能量侵袭的星系，另一路则朝着宇宙深处那神秘区域进发。
前往受袭星系的小队抵达后，眼前的景象触目惊心。整个星系的星球被一层诡异的紫雾笼罩，生命迹象在迅速消逝。队员们立刻展开调查，发现这股未知能量具有强烈的腐蚀性和渗透性，常规的防护手段很难抵御。
他们在一颗星球的废墟中找到了一些幸存者，从幸存者口中得知，这股能量是突然出现的，伴随着一阵刺耳的尖啸声。为了找到能量源头，队员们深入紫雾弥漫的区域。在探索过程中，他们发现了一些奇怪的能量波动痕迹，这些痕迹似乎指向了星系中心的一颗巨大黑洞。
与此同时，前往神秘区域的小队遭遇了重重困难。神秘区域被一层强大的能量场包围，任何常规的探测手段都无法穿透。队员们尝试了多种方法，终于找到了能量场的一处薄弱点，成功进入其中。
进入神秘区域后，他们发现这里的空间和时间都呈现出一种扭曲的状态。在一片荒芜的星空中，悬浮着一座古老的遗迹，遗迹散发着神秘的光芒。队员们靠近遗迹，发现上面刻满了奇怪的符号和图案。经过一番努力，他们成功解读出部分信息，这些信息暗示着这座遗迹与一种能够改变宇宙秩序的强大力量有关，而神秘组织似乎一直在寻找激活这股力量的方法。
两支小队都面临着巨大的危险和挑战，在遭受未知能量侵袭的星系中，他们能否找到消除这股邪恶能量的办法？在神秘区域的古老遗迹前，他们又能否阻止神秘组织残余势力激活那股可能颠覆宇宙秩序的力量？
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