鲁南第一次反扫荡的胜利，在新四军军部和延安总部产生了极大的影响。新四军军部重新调整了新四军的下一步发展规划，准备全力支持山东挺进纵队。
新四军军部将杨文翰电报转发延安总部、并附上军部建议：新四军独立团留下一个营扩编成一团，另二个营打算北上沂蒙，加强山东的力量。江南抗日义勇军北上苏中。另杨文翰部扩编急需大量干部，新四军军部只能满足其部分要求，望总部多抽调一些干部前往山东，加强山东的力量。
延安总部收到了新四军军部转来的杨文翰的电报以及新四军军部的建议。总部领导都对山东根据地的发展非常满意，新四军北上山东使根据地取得了突破性的进展。
新四军进入山东后，很快就站住了脚。不仅新四军得到了极大的发展，而且带动了八路军山东纵队的正规化，提高部队的作战能力。这次反扫荡战役的胜利充分证明了新四军北上山东决策的正确。新四军在发展的过程中，战斗力并未遇到太大的影响，这一点尤其值得肯定。如今山东根据地现在可是兵强马壮，武器装备可以说是全军中最好的。一个炮团就有20门九二步兵炮，根据地现在还有兵工厂，武器弹药都可以自制。
新四军自到皖南开始就确定了：自力更生、丰衣足食的方针。山东挺进纵队也秉承了这一点，大力兴修水利、发展屯垦、发展工商业。相信只要有一年的时间，就可以实现自给自足。
现在山东发展走上快车道，延安总部看到了山东抗日根据地发展的潜力。针对山东根据地缺干部、基层军官、老兵的问题。延安总部决定除了派遣大量干部过去外，八路军进军山东的进度也要加快，八路军可以派一部分部队向山东沂蒙地区靠拢，到时与山东军区连成一片。可以从这些八路军部队里抽调大批军政骨干加入山东挺进纵队和山东纵队中。
鉴于目前新四军挺进纵队与山东纵队在同一区域活动，双方互不统属，指挥不便。廷安总部政治局决定两部混合整编组建军区，统一领导、统一指挥。由杨文翰任司令、黎玉任政委。组建根据地军政委员会，黎玉任书记，杨文翰、刘炎、张经武为委员，统一领导山东根据地军政事务。
延安总部以山东纵队的名义向重庆发布了鲁南大捷的战报。反击了我党游而不击的谬论。在一片沦陷声中，鲁南的胜利为全国人民点亮了一盏希望的灯。
国府收到了延安总部报捷的电报，常申凯对于八路军与日军1：4的战损比存疑，但打了胜仗是无疑的。八路军在山东发展壮大，引起了常申凯的警惕。他认为苏鲁战区的建立会对压制共党的扩张起到一定作用，国党也要在敌后要有自己的根据地，这在一定程度上会挤压共党的活动空间。
1939年开始，国府政策重点由对外抗日转移到对内反共，开始推行消极抗日积极反共的反动政策。之后，则进一步确定了以“军事反共为主，政治反共为辅”的方针。在这种背景下，国党掀起了第一次反共高潮。
山东蒙山，泝蒙军区主要领导人都在，接延安总部命令及新四军军部命令：杨文翰担任沂蒙军区司令员， 黎玉担任政委 刘炎担任政治部主任 张经武担任参谋长 李振华担任副参谋长，杨文翰同志全权负责整编工作。同时建立沂蒙军政委员会，黎玉任委员会书记，杨文翰、刘炎、张经武为委员。
杨文翰和黎玉进行了充分的沟通，决定部队整编扩编的原则：整编的团由一个新四军挺进纵队一个营、一个山东纵队的营、在此基础上加入新兵扩编出一个营。这样战斗力以老带新、战斗力不会下滑太快。山东整编出22个正规团，另设有个别独立团、独立营。在每个县组织一个县大队，由县大队负责组织下面镇村组建区小队，并负责初区小队军事训练，成为正规部队后备预。正规团编号以是新四军的4开头，后面位数的序号，部队编号从401团一一422团，炮兵团编号为炮1团。鲁南驻军五个团，蒙山驻军二个团，沂山以南，蒙山以北驻军五个团，滨海根据地驻军二个团，胶东准备派驻三个团，淄博、济南以南山区派驻三个团，清河二个团，整个军区正规部队向各个游击区渗透，巩固各地游击区，以期把游击区发展为根据地。整编后整个山东军区正规军兵力将达到余人，民兵游击队七万余人。
整编后山东军区掀起了大练兵运动。训练完成后还要举行大比武活动，奖品是锦旗和弹药。各支部队憋足了干劲，要为自己团争光，部队在荣誉感的加持下，迅速增强了各团内部的团结。
针对国府政策的转变，军区制定了相应的对策，一句话形容就是人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人。特别是清河地区由于是平原，日军经常扫荡，如果国党背后捅刀子，将产生严重影响。
军区指示清地区党委、军队先在寿光的清水泊地区建立稳固根据地；然后向小清河以北发展，到黄河入海口的荒原地带建立后方，打通与冀鲁边区的联系。
与此同时军区还要求在沂山402团林唯先部，鲁山409团赵杰部加强对国军秦启荣的监控，指示两团若遇到该部不利于我军的行，坚决予以反击。
军区做出这样的部署也是迫不得已，1939年以来山东省主席沈鸿烈、鲁西北秦启荣部跳的最欢，肆无忌惮。积极反共、溶共、限共，破坏我党建立的抗日民主政权，解散我党组织的抗日团体，杀害我党同志。军区原先本着维护统一战线原则，一忍再忍。如今已是忍无可忍。
现苏鲁战区成立在即，国府调东北军51军、57军入山东，于学忠任司令员。军区担心今后敌后斗争形势会更复杂。提前对秦启荣反击，也是表明我党的一种态度。对技持统一战线的行为，我党一概支持，对于破坏统一战线的行为，我党将坚决予以打击。
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