公元前80年4月，托勒密十二世·奥莱特抵达亚历山大港并被宣布为国王。
他的统治时间被正式定为从父亲去世的公元前81年开始，从而略过了贝伦尼丝三世（berenice III）和托勒密十一世（ptolemy xI）的统治。
继位后不久，托勒密十二世娶了他的亲戚克利奥帕特拉五世（cleopatra V）为妻。
关于她的父母身份尚不确定——现代学术界普遍认为她是托勒密九世（ptolemy Ix）的妹妹，但克里斯托弗·贝内特（christopher bennett）认为她可能是托勒密十世（ptolemy x）的女儿。
这对夫妇成为共治君主，并且一同被纳入托勒密王朝的宗教崇拜，称为“父爱与兄妹爱的神”（theoi philopatores kai philadelphoi）。
这个称号可能是为了加强托勒密十二世对王位的主张，特别是在有声音声称他是托勒密九世的私生子，因此不应继承王位的背景下。
公元前76年，孟菲斯（memphis）帕塔神庙的大祭司去世，托勒密十二世前往孟菲斯，任命他14岁的儿子帕谢里恩普塔三世（pasherienptah III）为新大祭司。
随后，帕谢里恩普塔三世为托勒密十二世加冕为法老，并前往亚历山大港，被任命为托勒密十二世的“先知”。
这些事件在帕谢里恩普塔的葬碑——中有详细记载，显示了托勒密王朝与孟菲斯祭司之间在这一时期建立的极其紧密且互相支持的关系。
公元前69年8月，克利奥帕特拉五世不再被提及为共治君主。
当时，她的形象被刻在霍鲁斯神庙（temple of horus）主塔门的雕刻上，这些雕刻也在此时被遮盖起来。
为何会发生这一突变尚不清楚，但推测她可能在此时被休弃。
此后，托勒密十二世采取了新的王室称号“新狄俄尼索斯”（Neos dionysos，新狄俄尼索斯），克里斯·贝内特提出这一称号与他与克利奥帕特拉五世的分离有关。
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公元前88年，托勒密十世去世时，他的遗嘱将埃及遗赠给罗马，如果他没有存活的继承人。
尽管罗马人没有立即采取行动，但他们采取行动的可能性迫使随后的托勒密国王们采取小心谨慎且尊重罗马的政策。
托勒密十二世·奥莱特（ptolemy xII Auletes）继续执行这一亲罗马政策，以保护自己并确保其王朝的命运。
尽管如此，罗马给予埃及的压力逐渐增加。
公元前65年，罗马的监察官马库斯·李锡尼乌斯·克拉苏斯（marcus Licinius crassus）提议将埃及并入罗马。
但这一提议在昆图斯·卢塔提乌斯·卡图卢斯（quintus Lutatius catulus）和西塞罗（cicero）的反对下未能实现。
然而，面对这一危机，托勒密十二世开始大量投入资源，贿赂罗马政治家，以支持自己的利益。
公元前63年，当庞培（pompey）在第三次米特里达梯战争（third mithridatic war）获胜后，重新组织叙利亚（Syria）和安那托利亚（Anatolia）时，托勒密试图通过送给庞培一顶金冠来建立与庞培的关系。
托勒密还为庞培提供了8000骑兵的薪水和维护费用，以支持庞培与犹太（Judaea）的战争。
他还请求庞培前往亚历山大港帮助镇压在埃及爆发的叛乱，但庞培拒绝了。
为了支付这些贿赂，托勒密十二世付出了巨大的代价。
最初，他通过加税来筹集资金。
公元前61\/60年间，赫拉克利奥波利斯（herakleopolis）王室土地的农民罢工，从一份纸草文献中可以看到，这可能是对这些税收的不满的表现。
越来越多的情况下，托勒密十二世也通过向罗马银行家如盖乌斯·拉比里乌斯·波斯图穆斯（Gaius Rabirius postumus）借款来筹集资金。
这使得罗马对他政权的影响力更大，也意味着埃及的命运在罗马政治中变得越来越重要。
最终，公元前60年，托勒密十二世前往罗马，当时由庞培、克拉苏斯和尤利乌斯·恺撒（Gaius Julius caesar）组成的三巨头同盟刚刚掌握了权力，以便谈判正式承认他的国王身份。
托勒密向庞培和恺撒支付了6000塔兰特——一个巨大的数目，相当于埃及一年的全部收入。
作为回报，双方签订了正式的联盟或契约。
罗马参议院承认托勒密为国王，恺撒于公元前59年通过一项法律将托勒密列为罗马人民的朋友与盟友（amici et socii populi Romani）。
公元前58年，罗马控制了塞浦路斯（cyprus），导致托勒密十二世的兄弟自杀。
托勒密十二世对此未作回应，塞浦路斯也一直是罗马的行省，直到公元前48年由尤利乌斯·恺撒收回并归托勒密王朝控制。
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贿赂政策在埃及长期以来一直不受欢迎，既因为它过于谄媚，又因为它带来了沉重的税负。
然而，塞浦路斯的并入显示了这一政策的失败，激怒了亚历山大的民众。
亚历山大的宫廷官员迫使托勒密十二世·奥莱特 (ptolemy xII Auletes) 退位并离开埃及。
他被他的女儿贝伦尼丝四世 (berenice IV) 替代。
贝伦尼丝四世与克利奥帕特拉·提法娜 (cleopatra tryphaena) 联合执政，后者可能是托勒密十二世的前妻，但也有可能是他未曾记载的女儿。
克利奥帕特拉·提法娜在一年后去世，贝伦尼丝从公元前57年到公元前56年单独执政。
托勒密十二世带着女儿克利奥帕特拉七世 (cleopatra VII) 一起逃往罗马以寻求庇护。
途中，他在罗德岛停留，流亡中的卡托·尤吉尔 (cato the Younger) 向他提供了如何接近罗马贵族的建议，但并未给予实质性支持。
到达罗马后，托勒密十二世开始请求恢复自己的王位，但遭到部分元老院成员的反对。
他的老盟友庞培 (pompey) 为这位流亡国王和他的女儿提供庇护，并在元老院中为托勒密的恢复辩护。
在此期间，罗马的债权人意识到如果不恢复托勒密，他们将无法收回贷款。
公元前57年，罗马民众的压力迫使元老院决定恢复托勒密。
然而，罗马并不希望通过军事干预来恢复国王，因为西比利尼书中曾预言，如果埃及国王请求帮助，而罗马进行军事干预，将会带来巨大的危险和困难。
埃及人民听闻罗马可能介入的传言后，强烈反对流亡国王的回归。
罗马历史学家卡西乌斯·迪奥 (cassius dio) 记载称，埃及派出了一百人的使团，向罗马提出反对托勒密十二世恢复的理由。
托勒密似乎毒死了使团的领袖亚历山大的迪奥 (dio of Alexandria)，并在使团未抵达罗马之前将其他大多数抗议者杀害。
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公元前55年，托勒密十二世·奥莱特向奥卢斯·加比尼乌斯 (Aulus Gabinius) 支付了1万塔兰特以征讨埃及，从而恢复了自己的王位。
奥卢斯·加比尼乌斯击败了埃及边境的军队，推进至亚历山大，攻击了宫殿，宫殿卫兵在没有抵抗的情况下投降了。
托勒密十二世恢复王位的确切日期尚不清楚。
最早的恢复日期可能是公元前55年1月4日，最晚的恢复日期则是同年6月24日。
恢复权力后，托勒密开始对贝伦尼丝四世采取行动，并与她的支持者一起将她处决。
托勒密十二世在亚历山大继续掌握权力，得到约两千名罗马士兵和雇佣兵——即“加比尼安尼”(Gabiniani) 的帮助。
这一安排使得罗马能够对托勒密施加影响，他一直统治到公元前51年因病去世。
公元前52年5月31日，他的女儿克利奥帕特拉七世 (cleopatra VII) 被任命为共同统治者。
在托勒密十二世恢复王位的同时，罗马债权人要求偿还他们的贷款，但亚历山大的国库无法偿还国王的债务。
托勒密十二世从之前的错误中吸取了教训，将对增税的民众愤怒从自己身上转移到了罗马人身上，尤其是他的主要债权人——盖乌斯·拉比里乌斯·波斯图穆斯 (Gaius Rabirius postumus)，并任命他为“财务大臣”，负责债务偿还。
也许是奥卢斯·加比尼乌斯施加了压力，促使托勒密十二世任命拉比里乌斯，后者现在直接掌控着埃及的财政资源，但他却过度榨取土地。
国王不得不将拉比里乌斯监禁，以保护他免受愤怒民众的伤害，之后又允许他逃脱。
拉比里乌斯很快离开埃及，回到罗马，到了公元前54年底。
在那里，他被指控“违背公款”，但在西塞罗 (cicero) 的辩护下，被判无罪。
托勒密还允许贬值货币，试图偿还贷款。
临近托勒密十二世统治结束时，埃及货币的价值已经降至他第一次统治时的一半左右。
托勒密十二世于公元前51年3月22日之前去世。
他的遗嘱规定，克利奥帕特拉七世和她的弟弟托勒密十三世 (ptolemy xIII) 应共同统治埃及。
为了保障自己的利益，他指定罗马人民为遗嘱的执行人。
由于元老院忙于处理自己的事务，他的盟友庞培 (pompey) 批准了遗嘱。
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