秦桧当政，致力排除异己，兴起无数冤狱，其中最为有名的，当属冤杀岳飞，此后，秦桧为巩固权位，屡次兴起大狱，可以说是罄竹难书。
明国公广西经略使胡舜陟，曾上疏弹劾秦桧十大罪状，秦桧陷害岳飞时，胡舜陟又上疏为岳飞辩诬。秦桧更加怀恨在心。转运使吕源与胡舜陟有私怨，向朝廷诬告胡舜陟“受金盗马”，“讪谤朝廷”，秦桧乘机挟权报复，派大理寺官员袁楠 、燕仰之等逼供。前后长达二十天，胡舜陟始终不屈服，最后冤死于狱中。
中书舍人兼给事中黄龟年，亦曾多次上疏大骂秦桧，说秦桧“诡谲”、“巧诈”、“险佞”、“矫言”、“潜慝”等等，反正怎么难听怎么来。秦桧恨之入骨，侍御史常同揣摩秦桧心思，弹劾黄龟年交结大将，操行不正，黄龟年罢职。司谏詹大方是秦桧死党，又加一刀，弹劾黄龟年附会匪人，为士大夫不耻，黄龟年被遣送回籍，不久便郁闷而死。
参知政事李光，被秦桧骗去布告“和议文书”，同乡杨炜写信指责李光附和权相，谋取富贵，李光事后也深感后悔，因此和议成功后，李光多次对秦桧说，戎狄狼子野心，不能完全相信和议，还要做好边关防御准备，引起秦桧嫉恨；秦桧提议亲党郑亿年为资政殿大学士，李光在御前阻止，并当着赵构的面道：“看秦桧的意思，不过是想蒙蔽陛下的耳目，盗取国权，怀奸误国罢了！”秦桧勃然大怒，李光知不为秦桧所容，主动辞职，知绍兴府。
但秦桧绝不罢手，李光是除赵鼎、张浚之外，秦桧最为嫉恨之人，必欲除之而后快。遂再命万俟卨弹劾，贬建宁军节度副使，安置在藤州（广西滕县），三年后，移琼州（海南海口），在海口第六年，曹泳、陆升之诬告李光儿子李孟坚私撰国史，秦桧如获至宝，命送大理寺，锻炼成狱，李孟坚流放峡州管制，朝中牵连的有胡寅、程瑀、潘良贵、张焘等八人，都被贬职。
吕愿中污蔑李光和胡铨在诗词唱和中毁谤朝政，加上儿子李孟坚之事，李光再移昌化军（海南儋州）。可李光是个硬骨头，屡遭迫害，仍怡然自得，年逾八十，尤笔耕不辍。
枢密院编修胡铨，激烈反对议和，曾上疏朝廷，乞斩秦桧之头，以谢国人，秦桧当然视他为眼中钉，肉中刺。秦桧斥责胡铨狂妄，先将胡铨撤职，安置昭州，许多朝臣上疏挽救胡铨。秦桧刚得势，迫于公论，安排胡铨为广州盐监。随着秦桧权势稳固，便着手命罗汝楫弹劾胡铨，胡铨随即被新州（广东新县）监视居住。几年后，新州守臣张棣秉承秦桧意愿，污蔑胡铨在和他人诗词唱和中，有毁谤怨望之语，胡铨终被安置在吉阳军（海南三亚）。宋朝时，岭南就属未开发之地，何况海南？好在胡铨和李光一样，生命力顽强，熬到了秦桧死后。
郑炜告发同乡福建安抚司机宜文字吴元美，写了一篇《夏二子传》，本意指蚊子及苍蝇。可他家有亭子名“潜光”，厅堂名“商隐”，郑炜牵强附会，说吴元美亭子用“潜光”，实际是和李光一条心，厅堂用“商隐”，这是绝不事秦的意思，秦桧欲以严罪，赵构获悉，难得出手相救，但吴元美仍被贬南雄州，后死于此。
秦桧以诽谤朝政罪，兴起王庶二子王之奇、王之荀，直龙图阁叶三省、监都作院王远通、黄岩县令杨炜四大狱案。王之奇流放梅州管制，王之荀流放容州管制。叶三省免职，安置筠州，王远通开除，流放高州管制。
次年，秦桧奏请赵构，从台州谢汲家收回綦崈礼所受的圣旨（即秦桧第一次被罢相的圣旨），想消灭对自己不利的证据；进士黄友龙毁谤秦桧，被处以黥刑，发配岭南；内侍裴咏因指斥秦桧，流放琼州管制。
公元1154年三月，秦桧更因私人恩怨，命人搜集材料整治知建康府王循友，经大理寺审讯，被安置在藤州。湘潭县丞郑杞和主簿贾子展私下议论了几句朝廷，被以“嘲毁朝政”之罪撤职，郑杞流放容州管制，贾子展流放德庆府管制。武冈军（湖南武冈）通判方畴仅因为和胡铨互通信函，被流放永州管制。
沈长卿曾和李光讥讽和议，和芮烨共赋《牡丹诗》，被邻人告发，诗中有“宁令汉社稷，变作莽乾坤”，沈长卿流放化州管制，芮烨流放武冈军管制。
宗室赵令衿看秦桧所作的《家庙记》，顺口说出“君子之泽，五世而斩”，被汪召锡告发；御史徐喜揭发赵鼎之子赵汾与赵令衿关系密切，曾经饮酒话别，馈赠丰厚，必有奸谋，赵令衿被送入大理寺，后将赵令衿关押在宗正司。
秦桧深恨赵鼎、李光和胡铨，曾在自家“一德格天阁”内书写三人性命，必欲杀之而后快。此时赵鼎已死，遂想杀他儿子赵汾。让赵汾自诬与张浚、胡寅谋划叛乱，想将他们一网打尽，受牵连者达五十三人，冤案成立后，万幸秦桧病入膏肓，坐“格天阁”欲批案牍，手颤不能落笔，其妻在屏风后望见，摇手道：“太师莫劳累！”秦桧还想逞强，不料跌倒在案几边，故而无法定案而免。
总之，不管是重臣还是小官、朝臣还是地方官、内侍还是平民，只要对自己不利者，秦桧都会毫不手软，予以迫害。他假托君命、诬陷无辜，几乎都是无中生有，罪名不外乎诽谤朝廷、指斥人主、心怀不满、沽名钓誉，甚至把你心中有无君主作为罪名。凡是弹劾政敌的奏疏，秦桧基本自己操刀，然后交给言官，世人都说：“此老秦笔法！”
佐料：《宋稗类钞》记录了赵汾、张浚因秦桧死，幸免遇难的情形，很生动有趣。
当初赵汾被逮捕入狱，自认必死无疑，嘱咐家人道：“此次进狱，恐不能生还。假如幸免一难。当在就在给送我的食物中，放一块肉笑靥（一种食物），给我报个信！别忘了。”
赵汾入狱月余。审官什么也不问他，只是每天对他施以酷刑，让他求生不得，求死不能。
有一天，得到家里人送来的食物中，放满了“笑靥”，赵汾哭着说：“原来说好的，如果能脱死刑，只放一个就行了，今天放这么多，不是哄我吗？”
不一会，狱吏来贺喜，当天就被释放出狱了。再后来才知道，原来是秦桧死了。
张浚当时被贬在永州。闻赵汾被捕，心中惴惴不安，寻思定将牵连到自己。又怕老母担心不敢明言。一天，忽然听到外面报告来了一位送信人。他出去一看，见一个男子喘着气躺在屋檐下，昏迷不醒。
张浚不知是福是祸，尽管性格坚定，但仍然心惊肉跳。赶紧把那人扶起来，灌汤饵，那人苏醒后。仍不说话，只用手指腰间。
张浚一摸，从他腰里拿出一张纸。一看，赫然是秦桧的讣告。原来，他的老部下获悉秦桧死后，派人给他报信。因为路远人急，送信人累得昏过去了。张浚获此消息，顷刻之间，全家欢声雷动。
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